Lo siento la mala ubicaciòn.
Este es el codigo php que hace el proceso interno de terminar la encuesta y colocar como estado encuesta completa (EC). 
Necesitaria saber como llamo esa funcion java script.  
 Código PHP:
   
<title>CARACTERIZACIÓN DE LA DEMANDA DE TALENTO HUMANO-CER</title>
<?php
date_default_timezone_set('America/Bogota');
setlocale(LC_TIME, 'spanish');
error_reporting(0);
require_once('../connections/conexion_cth.php');
// Establece el permiso para ingresar a esta pagina
if (!isset($_SESSION)) {
  session_start();
}
$MM_authorizedUsers = "1";
$MM_donotCheckaccess = "false";
 
// *** Restrict Access To Page: Grant or deny access to this page
function isAuthorized($strUsers, $strGroups, $UserName, $UserGroup) { 
  // For security, start by assuming the visitor is NOT authorized. 
  $isValid = False; 
 
  // When a visitor has logged into this site, the Session variable MM_Username set equal to their username. 
  // Therefore, we know that a user is NOT logged in if that Session variable is blank. 
  if (!empty($UserName)) { 
    // Besides being logged in, you may restrict access to only certain users based on an ID established when they login. 
    // Parse the strings into arrays. 
    $arrUsers = Explode(",", $strUsers); 
    $arrGroups = Explode(",", $strGroups); 
    if (in_array($UserName, $arrUsers)) { 
      $isValid = true; 
    } 
    // Or, you may restrict access to only certain users based on their username. 
    if (in_array($UserGroup, $arrGroups)) { 
      $isValid = true; 
    } 
    if (($strUsers == "") && false) { 
      $isValid = true; 
    } 
  } 
  return $isValid; 
}
 
$MM_restrictGoTo = "../index.php";
if (!((isset($_SESSION['MM_Username4'])) && (isAuthorized("",$MM_authorizedUsers, $_SESSION['MM_Username4'], $_SESSION['MM_UserGroup4'])))) {   
  $MM_qsChar = "?";
  $MM_referrer = $_SERVER['PHP_SELF'];
  if (strpos($MM_restrictGoTo, "?")) $MM_qsChar = "&";
  if (isset($_SERVER['QUERY_STRING']) && strlen($_SERVER['QUERY_STRING']) > 0) 
  $MM_referrer .= "?" . $_SERVER['QUERY_STRING'];
  $MM_restrictGoTo = $MM_restrictGoTo. $MM_qsChar . "accesscheck=" . urlencode($MM_referrer);
  header("Location: ". $MM_restrictGoTo); 
}
 
 
$cod_encu_vac = $_SESSION["codencu"];
$fech = $_GET["fecha_vac"];
$encu = $_GET["encuestador_vac"];
$super = $_GET["supervisor_vac"];
$formu = $_GET["formulario"];
$fin = $_GET["termino"];
$formulario='6';
 
//******************************                Recibir la informacion del formulario                  *****************************
$f3_1 = $_GET["f3_1"];$f3_2 = $_GET["f3_2"];$f3_3 = $_GET["f3_3"];$f3_4 = $_GET["f3_4"];$f3_5 = $_GET["f3_5"];$f3_6 = $_GET["f3_6"];$f3_7 = $_GET["f3_7"];$f3_8 = $_GET["f3_8"];$f3_9 = $_GET["f3_9"];$f3_10 = $_GET["f3_10"];$f3_11 = $_GET["f3_11"];$f3_12 = $_GET["f3_12"];$f3_13 = $_GET["f3_13"];$f3_14 = $_GET["f3_14"];$f3_15 = $_GET["f3_15"];$f3_16 = $_GET["f3_16"];$f3_17 = $_GET["f3_17"];$f3_18 = $_GET["f3_18"];$f3_19 = $_GET["f3_19"];$f3_20 = $_GET["f3_20"];$f3_21 = $_GET["f3_21"];$f3_22 = $_GET["f3_22"];$f3_23 = $_GET["f3_23"];$f3_24 = $_GET["f3_24"];$sexo = $f3_4; $vinculacion = $f3_4; $desempeño = $f3_4; $fecha_ini = $f3_13; $fecha_fin = $f3_14; $edad_min = $f3_15; $edad_max = $f3_16;
 
//*************************                 VERIFICAR CAMPOS VACIOS INFORMACION PRINCIPAL                 **********************************
 
if (($fin == "Finalizar") && ($formu!=2) )
    {
         $incid = "EC";                         
 mysql_select_db($database_conexion_cth, $conexion_cth) or die("Errores al Seleccionar la Base de datos debido a : " . mysql_error());    
                                
//Se consulta para traer el dato del formulario
 $MaxId = "SELECT max(visita) as numvisitas, max(id) as maxid FROM incidencia WHERE cod_encuesta = '". $cod_encu_vac ."'  ";
 $rsmaxid = mysql_query($MaxId,$conexion_cth) or die('Error debido a' . mysql_error());
 $row_maxid= mysql_fetch_assoc($rsmaxid);
 $totalrows_maxid = mysql_num_rows ($rsmaxid);                        
                          
 $NoVisitas = $row_maxid["numvisitas"]+1;    
 $fechafin=date("Y-m-d H:i:s");
 
                                                                                                
 $actualizar_forminci = sprintf("UPDATE incidencia SET cod_encuesta = '". $cod_encu_vac ."', fecha = '". $fech ."', encuestador = '". $encu ."', supervisor = '". $super ."', visita = '". $NoVisitas ."', cod_incidencia = '". $incid ."', formulario = '". $formulario ."', fecha_fin = '". $fechafin ."'  WHERE  cod_encuesta= '". $cod_encu_vac ."' AND id= ".$row_maxid["maxid"]);
 mysql_select_db($database_conexion_cth, $conexion_cth);
 $result3 = mysql_query($actualizar_forminci,$conexion_cth) or die(mysql_error()); 
 
echo "<script language=javascript>alert('La encuesta ha finalizado. Visite otra empresa!!...');location.href = 'panel_encuestador.php';</script>";        
 
    /*                                    
 echo "<script language=javascript>alert('Formulario ingresado con Exito...');</script>";*/
}
elseif(($fin == "Finalizar") && ($formu==2) )
{
 $insertar = sprintf("INSERT INTO vacante ( cod_encuesta, f3_1, f3_2, f3_3, f3_4, f3_5, f3_6, f3_7, f3_8, f3_9, f3_10, f3_11, f3_12, f3_13, f3_14, f3_15, f3_16, f3_17, f3_18, f3_19, f3_20, f3_21) value ('". $cod_encu_vac ."','".$f3_1."','". $f3_2 ."','".$f3_3."','". $f3_4 ."','". $f3_5 ."','". $f3_6 ."','". $f3_7 ."','". $f3_8 ."','". $f3_9 ."','". $f3_10 ."','". $f3_11 ."','". $f3_12 ."','". $f3_13 ."','". $f3_14 ."','". $f3_15 ."','". $f3_16 ."','". $f3_17 ."','". $f3_18 ."','". $f3_19 ."','". $f3_20 ."','". $f3_21 ."')");
 
//Abre conexion a la Base de Datos
mysql_select_db($database_conexion_cth, $conexion_cth);
$result1 = mysql_query($insertar,$conexion_cth) or die(mysql_error('1.1'));
echo "<script language=javascript>alert('Formulario -----ingresado con Exito...');location.href = 'panel_encuestador.php';</script>";
 
 $incid = "EI";                         
 mysql_select_db($database_conexion_cth, $conexion_cth) or die("Errores al Seleccionar la Base de datos debido a : " . mysql_error());    
                                
//Se consulta para traer el dato del formulario
 $MaxId = "SELECT max(visita) as numvisitas, max(id) as maxid FROM incidencia WHERE cod_encuesta = '". $cod_encu_vac ."'  ";
 $rsmaxid = mysql_query($MaxId,$conexion_cth) or die('Error debido a' . mysql_error());
 $row_maxid= mysql_fetch_assoc($rsmaxid);
 $totalrows_maxid = mysql_num_rows ($rsmaxid);                        
                          
 $NoVisitas = $row_maxid["numvisitas"]+1;    
 $fechafin=date("Y-m-d H:i:s");
 
                                                                                                
 $actualizar_forminci = sprintf("UPDATE incidencia SET cod_encuesta = '". $cod_encu_vac ."', fecha = '". $fech ."', encuestador = '". $encu ."', supervisor = '". $super ."', visita = '". $NoVisitas ."', cod_incidencia = '". $incid ."', formulario = '". $formulario ."', fecha_fin = '". $fechafin ."'  WHERE  cod_encuesta= '". $cod_encu_vac ."' AND id= ".$row_maxid["maxid"]);
 mysql_select_db($database_conexion_cth, $conexion_cth);
 $result3 = mysql_query($actualizar_forminci,$conexion_cth) or die(mysql_error());
 
                                        
 echo "<script language=javascript>alert('Encuesta finalizado con exito...');location.href = 'panel_encuestador.php';</script>";
 echo "Insert ok ";
}
    
 
//**********************************************************************************************************************************
 
 
 
 
if($_GET["enviar"]=="Enviar" && ($_GET["formulario"]!= 2))
{
                  
                $insertar = sprintf("INSERT INTO vacante ( cod_encuesta, f3_1, f3_2, f3_3, f3_4, f3_5, f3_6, f3_7, f3_8, f3_9, f3_10, f3_11, f3_12, f3_13, f3_14, f3_15, f3_16, f3_17, f3_18, f3_19, f3_20, f3_21) value ('". $cod_encu_vac ."','".$f3_1."','". $f3_2 ."','".$f3_3."','". $f3_4 ."','". $f3_5 ."','". $f3_6 ."','". $f3_7 ."','". $f3_8 ."','". $f3_9 ."','". $f3_10 ."','". $f3_11 ."','". $f3_12 ."','". $f3_13 ."','". $f3_14 ."','". $f3_15 ."','". $f3_16 ."','". $f3_17 ."','". $f3_18 ."','". $f3_19 ."','". $f3_20 ."','". $f3_21 ."')");
                                //Abre conexion a la Base de Datos
                                mysql_select_db($database_conexion_cth, $conexion_cth);
                                $result1 = mysql_query($insertar,$conexion_cth) or die(mysql_error('1.1'));
                                echo "<script language=javascript>alert('Formulario ingresado con Exito...');location.href = 'vacantes.php';</script>";
                            
}
if($_GET["enviar"]=="Enviar" && ($_GET["formulario"]== 2))
{
header("Location:vacantes.php");    
}
?>