mm Creo que tendrías que ver en algún momento algún libro sobre "Diseño de Base de datos" .. donde te enseñen conceptos sobre SQL, "normalización" y referentes.
Luego será cosa de aplicar esos conceptos sobre Mysql y su SQL particular o funciones própias de este.
De esto puedes ver orientado a Msyql muchos tutoriales en:
www.mysql-hispano.com
Te recomiendo verlos.
Sobre "PHP+Mysql" .. es cosa de tener bien claro primeramente los conceptos sobre SQL y demás .. ahí los podrás aplicar sobre PHP con las funciones del grupo:
www.php.net/mysql
ó
www.php.net/mysqli
Libros no tengo títulos a mano .. pero si te pasas por editoriales como Prentice Hall, O'Reill y
De hecho puedes usar el servicio de google book's:
http://books.google.cl/
Buscando .. veras muchos títulos:
http://books.google.cl/books?ct=result&q=php+mysql
Un saludo,