CodeIgniter Problema con URL en codeigniter

[dark_17]

Buenas, espero que me puedan ayudar, soy nuevo usando codeigniter antes programaba con PHP puro.
Mi problema es el siguiente, en el arhivo routes.php, pongo la direccion por default:

Código PHP:

  $route['default_controller'] = "c_index";  
   

Entonces cuando pruebo en el navegador con:
http://localhost:9090/restaurante/index.php/c_index
me corre todo perfecto(reconoce las librerias css, javascript)
las librerias css y javascript se encuentran en:
http://localhost:9090/restaurante/ap...ntillas/assets
y en la carpeta plantillas esta el footer.php donde guardo los javascript, que los llamo de la siguiente manera:
<script src="../assets/js/lib/jquery.js"></script>

Pero cuando digito este link:
http://localhost:9090/restaurante, como yo marque por default el controlador c_index, me tenia que ejecutar el controlador c_index, y si me lo ejecuta pero sin las librerias CSS ni javascript ni nada. estoy intentando arreglarlo, cualquiera ayuda es bienvenida. Gracias.