No confundas "ftp" que es el tipo de acceso que haces a tu servidor (a su sistema de archivos) con lo que es el acceso al sistema de archivos del servidor .. Te comento esto, por qué si vas hacer ese "respaldo" (copia+compresión de esos datos) y entregarlos al navegador para su descarga (o dejarlo como archivo .tar/.zip en el servidor ..) el acceso que vas hacer no es por "FTP" a los archivos .. sino por funciones simples de acceso al sistema de archivos ..
FTP es un "protocolo" que aplicar sus restricciones de quien se conecta ..y donde a cierto "directorio" (y sub-ramas de este).
Si quieres algún sistema de "backup" .. puedes ver algunos en:
http://www.hotscripts.com/PHP/Script...kup/index.html
Si lo quieres hacer a mano .. puedes ir ayudandote de alguna classe para comprimir archivos:
http://www.phpclasses.org/browse/package/945.html
Dicha classe al parecer ya se encarga de recorrer recursivamente directorios en busca de archivos para ir añadiendolos al .tar/.zip que crea ...
Un saludo,