[mysql] copias de seguridad

[sfx4ever]

Hola, necesito hacer periodicamente copias de seguridad de mi bd MySQL de tablas innoDB.
Para ello me he bajado un programa: MySql Backup, pero tiene 2 problemas importantes:

1. No guarda correctamente caracteres especiales (eñe, tildes, etc)
2. No guarda las tablas en el orden que yo quiero (esto es muy importante de cara a las relaciones de campos con las otras tablas)

¿Sabeis como arreglar estos dos problemas?
¿Conoceis otra manera de hacer backups o algun otro programa para hacer copias?

gracias.-