Como te menciona Santiago existen muchos programas que te pueden ayudar, particularmente te puedo recomendar el Cobian Backup 5 (

pero creo que ya salio la 6) gratuito, que te permite generar copias de cualquier unidad en tu pc o de cualquier recurso de red (siempre que tengas el permiso). Puedes asignar la hora para el proceso y el tipo de copia, total o incremental, la velocidad va muy bien y es bastante fiable.
Yo lo uso para sacar las copias de mi servidor y me va bastante bien. Puedes instalarlo sobre win98, ME, 2000 (pro y server), xp.... con 2003 no lo he probado pero no tendría que dar problemas.
Lo puedes conseguir de aqui
http://www.freedownloadscenter.com/U..._Backup_5.html
Saludos.