Hola 
juanleonardo, para encriptar tu config usa esto :   
Código vb:
Ver originalPublic Sub encriptar()
 
            Dim Directorio As String = "C:\RUTA DE TU ARCHIVO\MI_EXE.exe"
            Dim provider As String = "DataProtectionConfigurationProvider"
            Dim configuration As System.Configuration.Configuration = Nothing
            Dim section As ConnectionStringsSection = Nothing
 
            Try
                configuration = ConfigurationManager.OpenExeConfiguration(Directorio)
 
                If configuration IsNot Nothing Then
 
                    Dim changed As Boolean = False
                    section = TryCast(configuration.GetSection("connectionStrings"), ConnectionStringsSection)
 
                    If section IsNot Nothing Then
                        If (Not (section.ElementInformation.IsLocked)) And (Not (section.SectionInformation.IsLocked)) Then
                            If Not (section.SectionInformation.IsProtected) Then
                                changed = True
                                ' Encrypt the section.
                                section.SectionInformation.ProtectSection(provider)
                            End If
                        End If
                        If changed Then
                            ' Indicates whether the associated configuration section will be saved even if it has not been modified.
                            section.SectionInformation.ForceSave = True
 
                            ' Save the current configuration.
                            configuration.Save()
                        End If
                    End If
                End If
 
            Catch ex As Exception
                MsgBox(ex.Message)
            End Try
 
        End Sub
  
Y para leer desencriptado(Pero no revela tus datos encriptados en el config) por ejemplo :   
Código C:
Ver originalpublic class Conexion
    {
        Configuration configuration = null;
        ConnectionStringsSection section = null;
 
        public String GetConex()
        {
            try
            {
                configuration = ConfigurationManager.OpenExeConfiguration(System.IO.Path.GetDirectoryName(System.Reflection.Assembly.GetExecutingAssembly().GetName().CodeBase.ToString()).Remove(0, 6) + "\\MI_EXE.exe");
                section = configuration.GetSection("connectionStrings") as ConnectionStringsSection;
                section.SectionInformation.UnprotectSection();
                section.SectionInformation.ForceSave = true;
 
                return section.ConnectionStrings["cn1"].ConnectionString;
                //return ConfigurationManager.ConnectionStrings["cn1"].ConnectionString;
            }
 
            catch (Exception ex)
            {
                return ex.Message;
            }
        }
    }
  
Pero sería recomendable que lo encriptaras en un custom action en el setup del aplicativo. 
Saludos!

. 
PDT: Disculpa por ponerte en ambos lenguajes jajaja pero es que era lo unico que tenia a la mano.