Hola y bienvenido rodk
Cita: ¿Cual seria el mejor modelo de base de datos, cuando se utiliza programación orientada a objetos?
El modelo es independiente a si programas en objetos, recuerda que el modelo de datos es la forma en que vas a representar tus entidades para accesar a la información
Actualmente el modelo más común es el E-R basado en relaciones y dependencias, ya a nivel código la forma en que las expongas depende de tí y/o lo que vayas a hacer
Cita: Da lo mismo si las tablas de la BD estan relacionadas o no
No es lo mismo ya que precisamente el modelo E-R está basado en mantener una estructura con dependencias e integridades (aunque algunos casos no aplican, pero eso ya depende de tu análisis)
Salu2