Poner en systray impide que se apague el pc?

[Kelbethor]

La aplicación que estoy desarrollando se oculta y sólo dejo un notifyicon. Como puedo hacer para que se cierre cuando digo de apagar el pc? Imagino k como no encuentra ninguna ventana se piensa que no tiene nada que cerrar, no? Porque cuando la ventana se está mostrando si que se cierra...