Hola a todos,
 
Finalmente he logrado hacer funcionar mi aplicacion y con ventanas Poppup. 
 
Y dejo la solucion para quienes tengan el mismo inconveniente.  
He cambiado el contro WebBrowser por el AxWebBrowser que tambien viene en Visual Studio 2005 en mi caso Visual Basic .net 
Este control AxWebBrowser  lo he agregado asi: 
1. Personalizar elementos del Cuadro de Herramientas, 
2. Seleccionar Ficha Componentes COM 
3. Seleccionar de la Lista Microsoft Web Browser  
 
Hecho! ahora lo arrastramos a nuestro formulario, form1. 
Tengo los siguientes controls 
1. Un TextBox Control de nombre TextBox1
2. Un Boton de nombre Button1
3. Un AxWebBrowser  de nombre AxWebBrowser1 
El codigo para el boton de busqueda:    
Código vb:
Ver originalPrivate Sub Button1_Click(ByVal sender As System.Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles Button1.Click
        AxWebBrowser1.Navigate(TextBox1.Text)
    End Sub
  
El codigo para manipular un texbox propio de la pagina HTML    
Código vb:
Ver originalPrivate Sub Button2_Click(ByVal sender As System.Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles Button2.Click
        AxWebBrowser1.Document.GetElementById("nombreTextBoxHTML").InnerText = TextBox2.Text
    End Sub
  
  
El codigo para invocar el Submit    
Código vb:
Ver originalPrivate Sub Button3_Click(ByVal sender As System.Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles Button3.Click
       AxWebBrowser1.Document.GetElementById("idForm").All("submit").Click()
    End Sub
  
Para menejar los Popup windows pega este codigo:    
Código vb:
Ver originalPrivate Sub AxWebBrowser1_NewWindow2(ByVal sender As System.Object, ByVal e As AxSHDocVw.DWebBrowserEvents2_NewWindow2Event) Handles AxWebBrowser1.NewWindow2
 
        Dim frmWB As Form1
 
        frmWB = New Form1()
        frmWB.AxWebBrowser1.RegisterAsBrowser = True ' RegisterAsBrowser property
        e.ppDisp = frmWB.AxWebBrowser1.Application  ' set e.ppDisp parameter
        frmWB.Visible = True
 
    End Sub
  
  
Hecho! es todo,  
  
Fuente de informacion:  
Cómo utilizar el evento de control NewWindow2 WebBrowser en Visual Basic .NET   VB FORUMS 
Exitos!!