Ayuda Creando compilador (Analisis lexico)

[Varaos]

Saludos a toda la comunidad...

Estoy haciendo un compilador y estoy empezando la etapa de analisis lexico, mas especificamente en la eliminacion de los comentarios: "Se supone un comentario empieza con un arroba y culmina con un enter"

PD: En el codigo donde dice "arroba" va el verdadero signo.

este es el codigo:

Código PHP:

   String varPrincipal=areadetexto.getText(); 
        int longitudCadena = varPrincipal.length(); 
        char arreglo[] = new char[longitudCadena]; 
        for(int i=0;i<longitudCadena;i++){ 
            arreglo[i]=varPrincipal.charAt(i); 
        } 
         boolean bandera = false; 
         int pos1=0, pos2=0; 
         String comentario=""; 
         int longitudCadena1 = varPrincipal.length(); 
         for(int i=0;i<longitudCadena1;i++){ 
            if(arreglo[i]=='arroba'){ 
                if(bandera==false){ 
                     bandera=true; 
                     pos1=i; 
                } 
            } 
            if((byte)arreglo[i]==10 && bandera==true){ 
                pos2=i; 
                comentario=varPrincipal.substring(pos1, pos2); 
                jComboBox1.addItem(comentario); 
                bandera=false; 
                 
            } 
            //varPrincipal=varPrincipal.replace(comentario, ""); 
            //areadetexto.setText(varPrincipal); 
        }  
   

El problema me surge cuendo intento actualizar la area de texto con el texto sin los comentarios(ver el codigo en color naranja), me elimina algunos, otros no y algunos incompletos, a que creen que se deba esto?

Gracias de Antemano