En fin, no encontré la respuesta pero seguramente es porque los creadores y administradores del foro (forosdelweb => vbulletin) u otros usuarios con foros vbulletin no han visto mi pregunta por que seguro que ellos si saben como solucionar este problemita.
 
Yo opté por un camino corto y lo que hice fue modificar el XML de instalación (Antes de importarlo) 
se ve como esto:  
>>> product-advhighlight.xml   
Código XML:
Ver original<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>
 
<product productid="advhighlight" title="Advanced Syntax Highlighting" description="This Hacks allows you to use advanced Sysntax Hightlighting for Several Languages" version="1.0.0" active="1">
    <codes>
    </codes>
    <templates>
        <template name="bbcode_highlight" templatetype="template" date="1122565653" username="Kirby" version="3.5.0 Release Candidate 1"><![CDATA[<div style="margin:20px; margin-top:5px">
    <div class="smallfont" style="margin-bottom:2px">$type $vbphrase[code]:</div>
    <pre class="alt2" style="margin:0px; background-color:#E5E5E5; padding:10px; border:1px inset; width:$stylevar[codeblockwidth]; height:auto; overflow:auto"><div dir="ltr" style="text-align:left;">$code</div></pre>
</div>]]></template>
        <template name="bbcode_highlight_printthread" templatetype="template" date="1122567141" username="Kirby" version="3.5.0 Release Candidate 1"><![CDATA[<div style="margin:20px; margin-top:5px">
    <div class="smallfont" style="margin-bottom:2px">$type $vbphrase[code]:</div>
    <hr /><pre class="alt2" style="margin:0px"><div dir="ltr" style="text-align:left;">$code</div></pre><hr />
</div>]]></template>
    </templates>
    <plugins>
        <plugin active="1">
            <title>Advanced Syntax Highlighting</title>
            <hookname>bbcode_create</hookname>
            <phpcode><![CDATA[if (!function_exists('handle_bbcode_highlight'))
{
    function handle_bbcode_highlight(&$parser, $code, $type)
    {
        global $vbulletin, $vbphrase, $stylevar, $show;
        static $codefind1, $codereplace1, $codefind2, $codereplace2;
 
        $code = $parser->strip_front_back_whitespace($code, 1);
 
        if (!is_array($codefind))
        {
            $codefind1 = array(
                '<br>',     // <br> to nothing
                '<br />'    // <br /> to nothing
            );
            $codereplace1 = array(
                '',
                ''
            );
 
            $codefind2 = array(
                '>',     // > to >
                '<',     // < to <
                '"',   // " to ",
                '&',    // & to &
                '[',    // [ to [
                ']',    // ] to ]
            );
            $codereplace2 = array(
                '>',
                '<',
                '"',
                '&',
                '[',
                ']',
            );
        }
 
        // remove htmlspecialchars'd bits and excess spacing
        $code = trim(str_replace($codefind1, $codereplace1, $code));
        $blockheight = $parser->fetch_block_height($code) + 18; // fetch height of block element
        $code = str_replace($codefind2, $codereplace2, $code); // finish replacements
 
        // PARSE
        $path = DIR . '/includes/geshi';
        // $code = geshi_highlight($code, $type, $path, true);
        $geshi = new GeSHi($code, $type, $path); 
        $geshi->enable_line_numbers(GESHI_NORMAL_LINE_NUMBERS);
        $tabs = 4;
        $geshi->set_header_type(GESHI_HEADER_DIV);
        $geshi->set_tab_width($tabs);
        $code = $geshi->parse_code();
 
        $code = preg_replace('/&#([0-9]+);/', '&#$1;', $code); // allow unicode entities back through
        $code = str_replace(array('[', ']', "\n"), array('[', ']', ''), $code);
        $template = $parser->printthread ? 'bbcode_highlight_printthread' : 'bbcode_highlight';
        eval('$html = "' . fetch_template($template) . '";');
        return $html;
    }
}
$this->tag_list['option']['highlight'] = array(
    'callback' => 'handle_external',
    'strip_empty' => true,
    'stop_parse' => true,
    'disable_smilies' => true,
    'disable_wordwrap' => true,
    'strip_space_after' => 1,
    'external_callback' => 'handle_bbcode_highlight'
);
require_once(DIR . '/includes/geshi.php');]]></phpcode>
        </plugin>
        <plugin active="1">
            <title>Advanced Syntax Highlighting</title>
            <hookname>cache_templates</hookname>
            <phpcode><![CDATA[if (THIS_SCRIPT != 'printthread')
{
    $globaltemplates = array_merge($globaltemplates, array('bbcode_highlight'));
}
else
{
    $globaltemplates = array_merge($globaltemplates, array('bbcode_highlight_printthread'));
}]]></phpcode>
        </plugin>
    </plugins>
    <phrases>
    </phrases>
    <options>
    </options>
</product>
  
Solo modifica la linea 9, dejandola como yo lo hice. 
Cambie las propiedades de Style de la etiqueta 
<pre; de la siguiente manera: 
padding:10px;
height:auto; 
Es todo.  
Esto no es la solución adecuada, y no estoy seguro que sea correcta pero, de cierta manera, funcionará bien.
Saludos