¿Qué software me recomiendan para documentación?

[KuKoRo]

He terminado un proyecto de grandes magnitudes o almenos eso pretende ser, es un Sistema de Compartimiento de Enlaces, y bueno en tan solo 4 dias de haber sido liberado ya he tenido 400 descargas por tanto me veo en la necesidad de crear la documentación lo antes posible, pero no se que software usar, pensaba usar uno tipo WIKI pero nunca he usado uno ni se cual es mejor, pero si alguien conoce otro que se preste mucho mejor para, dar documentación de un script, de que archivos tiene para que funcionan, las funciones en el y para que sirben estás y etc... pues estaré muy agradecido :D