No puedo cambiar CHMOD (Apache+Win2003)

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Hola a todos. He montado un servidor web bajo Windows 2003 Server. (Apache+PHP+MySQL). Funciona sin inconvenientes, exepto que me es imposible cambiar lso permisos (CHMOD) cuando accedo via ftp. (CUTE 7.0) Desearia que me expliquen si el problema es de configuracion de apache, o de windows. Gracias.