Directorio Virtual IIS

[mariaanie]

Tengo montado un servidor con IIS Y Tomcat, si quiero actualizar mi web (esta en JSP alojada en webhaps), colocando un war nuevo para que se despliegue, tengo que parar ademas del tomcat el IIS, para que no se me borre el directorio virtual que apunta a mi web en webhaps?¿? o como tengo que hacer, el otro dia al actualizar el war pare el Tomcat y no pare el IIs y se me borro el directorio virtual de la aplicacion y luego no me funcionaba..... alguna solucion