Qué tal?
Si estás usando VB 6, debes saber que la unidad predeterminada de medida al diseñar es el twip (una cosa rara inventada por Microsoft para relacionar el tamaño del formulario al tamaño físico de la pantalla, según tengo entendido). En versiones posteriores se usa el pixel, que es lo suyo.
Puedes convertir twips a cualquier otra unidad de medida del monitor utilizando las funciones ScaleX y ScaleY del formulario, o calcularlas con las propiedades TwipsPerPixelX y TwipsPerPixelY del objeto Screen.
Estos valores cambian cuando alguien por ejemplo configura el tamaño de letra en las propiedades de pantalla a un valor distinto del que tengas en tu ordenador, y eso desajusta fácilmente los controles.
Lo he visto pero no se cómo solucionarlo (nunca me ha hecho falta, por fortuna

), confírmanos que esto del tipo de letra puede estar pasando y lo investigamos a ver qué sale.