1) Por que usar un redhat tan viejo, sin actualizaciones de seguridad y todo lo que ello implica?
Hay alternativas excelentes como CentOS (
http://www.centos.org/). Hay una gran guía para migrar a CentOs desde redhat 9, aqui:
http://www.ernestoperez.com/rhel_y_c..._a_centos.html
CentOs es un clon de RedHat Enterprise Linux (que es comercial), es decir, usa los mismos paquetes.
2) Siempre antes de actualizar hay que respaldar, para ello puedes usar el programa mysqldump.
# mysqldump -u root -p --all-databases > respaldo_todo.sql
Asi, el archivo respaldo_todo.sql tendrá la creacion de todas las bases de datos, tablas y registros de cada tabla en formato sql. Como vas a migrar sólo deberías respaldar las bases tuyas, es decir, usar:
# mysqldump -u root -p nombre_base > respaldo_base.sql
y tendrás tantos archivos como bases tengas.
Para restaurar estos datos a la nueva versión harias esto desde la shell de mysql
# mysql -u root -p
mysql> source /ruta/respaldo_base.sql
Nota: aqui hay que asegurarse de agregar al script la instruccion sql que crea la base de datos y la que la selecciona (en la primeras lineas del script respaldo_base.sql):
create database nombrebd;
use nombrebd;
o en su defecto, ejecutar estos comando en la shell de mysql antes de ejecutar la orden source.
3) para instalar la nueva versión en redhat 9 puedes bajarte el rpm del sitio de mysql (
http://dev.mysql.com/downloads/mysql/5.0.html) y hacer:
# rpm -Uvh archivo.rpm
De seguro habrán dependencias incumplidas (a buscar los rpm, no queda otra) he ahi el dolor de cabeza de un distribución desfazada.
Cualquier duda sólo pregunta.