Cita: Y aun tengo mis dudas qde que una base de datos no afecte en otra base de datos
Repido: Solamente puede suceder si una consulta realizada sobre otra base incluye registros de tablas en la tuya. Caso contrario, no.
Si el servidor es dedicado, entonces no hay usuarios fuera de los tuyos que puedan acceder a tu base, porque para ello deberían tener permisos para acceder a tu base, cosa que el hosting no creo que haya hecho. En cualquier caso pídeles a los del soporte técnico que verifiquen eso.
Respecto al problema:
En primer lugar deberías revisar la lista de usuarios logueados en el momento de la ejecución de esa consulta. Eso lo haces con SHOW FULL PROCESSLIST. Eso te mostrará quiénes y qué están haciendo en un momento dado.
En segundo lugar deberías consultar los logs del servidor para ver que transacciones ocurren en tu base en esos momentos.
Además, sería buena idea para resolver el misterio usar EXPLAIN con tu consulta en tu servidor para ver cómo realiza la consulta y cuantos registros está procesando.
Para poder ayudarte más, al menos deberías darnos un vistazo de la consulta tal y como la escribes, y describirnos un poco el proceso que la aplicación realiza, para ver si el problema ocurre en ese punto.