que no te funciona del UNION?, o que error te bota el mysql, por que intente la consulta con otros campos de distintas bases de datos y si funciona y que version de mysql tienes:
Código PHP:
select abreviatura from base1.moneda where abreviatura="USD"
UNION DISTINCT
select idioma from base2.idiomas where idioma="ingles"
UNION DISTINCT
select name from base3.banner
esa consulta me funciono sin problemas, claro en tu caso seria en la clausula WHERE de todos los selects el codigo que buscas, o tal vez estoy entendiendo mal la idea, pero si no podrias intentar hacer una funcion en el lenguaje que estes usando y que se encargue de consultar las tres bases y ver si existe el codigo en alguna de ellas, saludos, cya