Proteger un sistema al 100% es imposible, nuna faltan algunos crackers que se den la tarea de conseguir los keys..
Pero lo que yo he hecho es que el registo para empezar lo hago vía internet donde internamente mi programa genera un numero de serie (combinado con el numero de serie del disco duro), mas la version del software, posteriormente en la página web introduce esos datos, y le regreso una llave en formato MD5.
Una vez que tiene ese nuevo valor, lo introduce el usuario en el programa e internamente mi software tiene el mismo algoritmo que use en la parte web para hacer la combinacion de esa key, de tal forma que si quiere copiar ese numero de serie en otra máquina no podrá ya que tomé el numero de serie del disco duro, tendría que volver a hacer su registro vía web para que le regrese la nueva llave (si es que tiene derecho a mas licencias).
Despues para que el sofware lo pueda abrir posteriormente sin que le pida la licencia introduzco una DWORD en el registro que contiene el md5 válido, y con ello siempre que se abre el programa hago un check y si es válido abre el programa y si no solicita nuevamente el registro.
Uf, traté de ser lo mas claro posible...
Espero que al menos te haya dado una idea...
Saludos