pero seleccionar de dónde? cuándo? cómo?
 
Depende de cómo lo muestres en pantalla... para ver cómo recojes los valores a comparar... después pasas esos valores por una función con una condicional... si son iguales muetras el mensaje... mira.. con checkbox sería algo así: 
Código:
 <html>
<head>
<script language="javascript">
function valida() {
	var a= document.getElementById('1').checked;
	var b= document.getElementById('2').checked;
	if(a==true && a==b) alert("No válido");
	return false
}
</script>
</head>
<body>
<form>
    <input name="1" type="checkbox" id="1" onClick="valida()" value="checkbox"> 
    Valor1<br>
    <input name="2" type="checkbox" id="2" onClick="valida()" value="checkbox"> 
    Valor2
</form>
</body>
</html>
  Ahí solo comparos dos checkbox por lo que no hay problema asignarles sus valores directamente a unas variables.... ... pero puede cambiar mucho ó poco dependiendo de lo que tengas... Así que espero al menos te sirva como idea 
Suerte! 
