Cada sistema gestor de bases de datos utiliza una forma distinta de guardar la informacion.
Por ejemplo Access guarda la informacion en un unico archivo con extension *.mdb y se ejectua de forma local. Esto tiene la ventaja de que puede ser llevado a cualquier ordenador sin necesidad de instalar ningun software adicional, podrias hacer una amplicacion que la usara como base de datos y lo unico que deberias tener es los oledb, ado o ado.net de netframework instalados sin necesidad de tener access.
MySQL crea una carpeta en su directorio data para cada base de datos, dentro de esta carpeta se crea un archivo *.frm con cada tabla de la base de datos. Que yo sepa no se puede trabajar a ninvel de archivo, solo para copias de seguridad, puesto que es una arquitectura cliente/servidor, y si no pasa por el servidor puedes hacer poco. Para no extenderme mucho, SQL Server funciona de una manera parecida al MySQL pero con dos archivos uno para indices y otro con datos, aunque se le puden añadir mas archivos para repartir el trabajo e incluso en cluster para usar varias maquinas para una misma base de datos. Algo parecido a SQL Server es lo que ocurre con Oracle.
Tambien a nivel de archivo tienes los archivos *.xml y de Excel *.xls
En conclusion a nivel de archivo con archivo de texto plano, donde al abrir un archivo te aparezca la tabla con los datos, que yo sepa solo esta el formato XML, el resto van codificados y necesitas de un adaptador para leerlos y/o un servidor. La ventaja de trabajar a nivel de archivo es su portabilidad, puesto que puedes llevarlos a cualquier maquina, la devestanja es la seguridad que ofrece un servidor de bases de datos. Si quieres mas informacion acerca de bases de datos o de informatica no dudes en postear en
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