Hola
 
Bueno, vayamos por partes, la diferencia entre nc y n6, es la aceptación de la etiqueta y/o propiedad layers, carcterística de las versiones 4.x de Netscape y ya en desuso desde la versión 6. 
En tu caso, lo que has de hacer es esto: 
Código:
 <head>
<script type="text/javascript">
<!--
function reposicionar() {
	if (navigator.appName != "Microsoft Internet Explorer") {
		document.getElementById('capa_ok').style.left = '100px';
		document.getElementById('capa_ok').style.top = '100px';
	} else {
		// aquí puedes poner código similares para Microsoft internet explorer si te hacen falta
	}
}
//-->
</script>
</head>
<body onload="javascript:reposicionar()">
<div id="capa_ok" style="position:absolute; width:210px; height:29px; z-index:6; left: 546px; top: 141px; visibility: hidden">
  Claro que si la visibilidad de la capa es hidden, no importa donde esté posicionada, al menos en cuanto a si se ve o no, si te entorpece el funcionamiento de cosas que estén abajo de ella, deberías sacarla del área o redimensionarla a un cuadradito de 1px de ancho y 1px de alto. 
Felicidad