Además de las herramientas ya citadas (javadoc y ndoc para generar documentación a partir del código y algunos documentos de ReadySET), si te refieres a documentación de usuario mi empresa comercializa un
software para documentar procesos, que puede serte útil si la implantación de la aplicación a documentar supone la introducción de nuevos procesos de negocio (muy habitual en sistemas empresariales.
lucas