Yo uso el Sygate Personal Firewall, lo q debes hacer es darle clic derecho al icono en la Tray y elegir Hide System Tray Icon, eso escondera el icono, luego en la seccion Tools-->Options deselecciona el check Hide notification messages eso lo hara "invisible", pero eso si, debes dar permiso a todas las aplicaciones y ponerlas en Allow porq sino te saldra u cartelito preguntadote si deseas ejecutar la aplicacion o no, aunq dudo q puedas hacerlo totalmente invisible eso es lo mas aproximado q puedes hacer, ya q al instalar un nuevo programa el Firewall te informara si deseas modificar el registro, espero q eso te ayude, suerte