si fueran solo archivos de texto pues tendrias que leer uno por uno pero no creo que sea lo que necesitas...
lo mas seguro que podrias hacer es como hacen en los buscadores de imagenes, que a cada imagen le asocian palabras que cuando son buscadas en el "buscador" se realiza en esas palabras, no en el archivo
por ejemplo, si suben un archivo de contabilidad pueden poner palabras claves como: contabilidad, agosto,2005, etc.....
se que seria algo tedioso para quien suba los archivos pero si el otro medio es muy vulnerable pues esta seria otra forma