Te aconsejo que antes que nada, lo que debes hacer es hacerle por lo menos dos particiones a tu HDD, en la partición primaria solo metes el SO, programas y drivers,en la segunda partición pones el resto de los archivos.
La partición primaria aconsejo que sea lo menor posible, digamos unos 10 gigas, de esa manera resulta cómodo y rápido hacerle respaldo usando programas como el N Ghost o el Acronis true image, esa imágen generada la puedes almacenar en la segunda partición o en un grupo de CDs.
En caso de ataque de virus o mal funcionamiento del sistema, repones la imágen en unos 30 minutos y todo fuelve a funcionar como el día que se hizo el respaldo.
También sería bueno usar el Deep Freeze, el cual bién configurado los redireccionamientos como indica en este tutorial, se minimiza la necesidad de estar descongelado seguido.
http://www.educa.aragob.es/cprgraus/...ong/congel.zip