Qué tal,
no se puede integrar ese código php básicamente porque lo único a lo que se está llamando al servidor es una imagen pero ningún documento. Si lo integraras al script no se ejecutaría ese php.
La solución podría ser la siguiente:
Crea un documento php de nombre afoto.php (por ejemplo) que contenga ese php que necesitas y tras terminar que muestre un documento vacío.
La única modificación que necesitaría el script sería en esta línea
ventana=window.open('','ventana','resizable=no,sc rollbars=no')
pasando afoto.php en el primer parámetro
ventana=window.open('
afoto.php','ventana','resizable=no,sc rollbars=no')
Ahora bien, tengo mis dudas de que funcione correctamente, pues el script en cuanto abre la ventana nueva yá pretende escribir en el documento y a poco que se demore podría dar error. Hablo de todo sin hacer pruebas.
Tal vez otra forma más segura y que no enlentecería el tema sería crear un iframe oculto dentro de la popup que se abre y que llame al php para realizar la suma en la bd mientras se carga la imagen.
Veo que estás pasando un id por la url al llamar al script. Se podría modificar el script de forma que recoja un tercer parámetro con ese id
Código:
<script language="javascript">
//script por Tunait
var ventana
var cont=0
var titulopordefecto = "Perico de los palotes" //texto por defecto a mostrar en la barra de título en caso de omitir el argumento titulo
function afoto(cual,titulo,id)
{
if(cont==1){ventana.close();ventana=null}
if(titulo==null){titulo=titulopordefecto}
ventana=window.open('','ventana','resizable=no,sc rollbars=no')
ventana.document.write('<html><head><title>' + titulo + '</title></head><body style="overflow:hidden" marginwidth="0" marginheight="0" topmargin="0" bottommargin="0" leftmargin="0" rightmargin="0" scroll="no" onUnload="opener.cont=0"><img src="' + cual + '" onLoad="opener.redimensionar(this.width, this.height)">')
ventana.document.writeln('<iframe width="0" height="0" src="afoto.php?id=' + id + '"></iframe>')
ventana.document.close()
cont++
}
function redimensionar(ancho,alto)
{
ventana.resizeTo(ancho+12,alto+28)
ventana.moveTo((screen.width-ancho)/2,(screen.height-alto)/2) //centra la ventana. Eliminar si no se quiere centrar el popup
}
</script>
Creo que eso debiera resultar. Deberás modificar también la llamada a la función para cada imagen agregando ese tercer parámetro
id 
Yá nos contarás
un saludo