Tampoco soy un ducho en eso de las licencias, pero creo que tienes que ver que tipo de licencia tiene el software.
Si mal no recuerdo GNU no es un tipo de licencia per se, sino que GNU por lo regular se basa en la licencia GPL, que esa si es una licencia, como lo es la LGPL, Creative Commons, BSD Licence, Apache licence, etc.
Cada una con sus recovecos (de los cuales se muy poco).
Si suponemos que la licencia es GPL (como el kernel de linux) entonces puedes integrarla en tu proyecto sin problemas, siempre y cuando no cobres por ella, sino por el resto de los productos y por el soporte que pueda llegar a necesitar tu usuario. Es lo que hace RedHat y SuSe.
Por otro lado, si haces modificaciones al programa estás en la obligación de distribuír el codigo fuente con tus modificaciones.
Es lo que recuerdo, por favor corríjanme los que estén mas enterados del tema.
PD.
http://es.wikipedia.org/wiki/GPL