Nunca he configurado a MySQL para q funcione así, pero no tendría q haber problemas. Creo, por una cuestión de compatibilidad, y no de facilidad, la MySQL de GNU/Linux es la q deberías de modificar el path hacia data. Yo no tengo una instalación de él mejor sistema operativo en esta máquina, así q esto es el my.ini de windows (en GNU/Linux se llama my.conf).
Código PHP:
[mysqld]
basedir=G:/Apache/MySQL //instalación de MySQL aqui debe de quedar el path hacia donde está la instalación en GNU/Linux
#bind-address=192.168.0.100
datadir=G:/Apache/MySQL/data //AQUÍ ES DONDE DEBERÍAS DIRIGIRLO HACIA EL PATH EN WINDOWS /mnt/windows/mysql/data (Por ej.) o donde tú montes la partición FAT32
#language=G:/Apache/MySQL/share/your language directory
#slow query log#=
#tmpdir#=
#port=3306
#set-variable=key_buffer=16M
[WinMySQLadmin]
Server=G:/Apache/MySQL/bin/mysqld-nt.exe
user=tu_nombre_de_usuario
password=tu_contraseña
Con probar nada se pierde, lo q si no pruebas en las DB de son importantes y q contienen datos q no quieras perder. Hazte una nueva DB para realizar las pruebas de insertar, modificar y borrar desde GNU/Linux, y luego realiza lo mismo desde windows.
Si todo se ve bien... ¡¡¡FUNCIONA!!!
Saludos cuidate