No estoy seguro de que formatear bajo DOS funcione, pues DOS no tiene soporte de USB. Mi recomendacion es que lo intentes reparticionar desde Panel de Control -> Admon. de equipo -> Admon. de discos (win2000 y superiores)
También creo que cabe aclarar que los discos USB
tienen ciertos problemas de integridad, por lo que es "común" que fallen.
Si tu SO soporta NTFS te recomendaría que lo intentes para ver si mejora la integridad de los datos.