Hola...
La verdad, nose si te entendi bien, pero lo que quires hacer creo que lo puedes hacer por medio del objeto opener de javascript.
por ejemplo, si colocas esta instruccion en la seg. ventana:
window.close();
opener.document.URL = "http://www.mipagina.com/principal.asp?valores";
con la primera instrucción, cierro la segunda ventana.
cuando tu abres una ventana nueva y necesitas accesar a la venta la abrio, lo puedes hacer por medio de opener. El la segunda instrucción cuando hablamos de document, no estamos hablando de la segunda ventana, sino de la que la abrio, la principal. entonces la decimos que se vaya a la pagina "principal.asp?valores" pero te daras cuenta que le puedes enviar los valores que necesites.
Espero que esto sea lo que quires hacer...
Saludos...