Error de principiante: doble instalación de Mysql en Ubuntu :S

[Tarecito]

Hola a todos, van a dsiculpar la estupidez cometida, pero creo q ese es el problema... espero...
Instale el apache con el php (con el apt-get)... hasta ahi todo bien, luego instalé el mysql con el mismo apt-get, pero antes de eso habia olvidado q ya se habia hecho una instalación prvia del mysql con un rpm (usando alien) el cual creó una carpeta "mysql" dentro de /home/usuario.
La cosa es q con el webmin puedo administrar mis tablas y demás, ya q le he puesto las rutas q me pide para cada archivo (mysqldump, mysqladmin, mysqlimport, mysqlshow, mysql start, mysql stop, etc) ... pero un detalle de esto es q en la opción del socket le tuve q pones la direccion /var/run/mysqld/mysqld.sock q me parece es la carpeta q del mysql cuando lo isntalé con el apt-get, xq antes de ponerle esa dirección del socket no me dejaba entrar al administrador del mysql en el webmin.
La cosa es q mediante el webmin he creado un para de base de datos y todo va bien hasta allí, pero cuando uso un sistema en php q me pide usuario y contraseña este no lo reconoce, no me bota ningún mensaje de error. No es error de códig del php xq ese código ya funcionaba en otra máquina, pero como el disco tenía problemas usamos otro para hacer otra instalación del ubuntu y pasarle las fuente del programa. Creo q es importante mencionar q dentro del /home/ins/mysql (q es la carpeta q se creó al instalarlo desde el rpm) están las bases de datos x defecto el mysl y el test, pero las q yo cree están con extensión .sql.. no se si eso debe ser así.
Creo q el programa no funciona xq este problema de la doble instalación, a ver si alguien me ayuda a corregir eso x favor. Muchas gracias de antemano.