No hombree, imaginate que tenemos lo siguiente;
Una aplicacion en .NET cuya ruta fisica es:
C:\InetPub\wwwroot\Aplicacion1
Y su pag de inicio es 'Default.aspx'. Podriamos crear perfectamente un directorio virtual que apuntara a esa ruta y se llamara 'prueba', de manera que la referencia en el explorador sería:
'
http://localhost/prueba/Default.aspx'
No tiene nada que ver el nombre del direc virtual con la ruta fis de la aplicacion.