Yo te aconsejo que la abras como ventana modal, lo que significa que hasta que no se cierre no se va a poder acceder a la ventana que la abre. De esta forma controlas el valor de retorno.
Mira, la abres así:
Código:
var strResultado=window.showModalDialog(lo mismo que antes dentro del window.open)
En la otra ventana, cuando la vayas a cerrar pones:
Código:
window.returnValue = el valor seleccionado;
window.close();
De esta forma, cuando retornes a la ventana principal, en la variable strResultado tendrás el valor seleccionado.
Espero que te sirva de ayuda.
Un saludo! ;)