No sé si te entendí bien o no..., si tienes un esquema parecido al siguiente:
Código:
// Código 1.js
function foo(){alert('foo')}
Tienes
obligatoriamente que poner tus scripts en el siguiente orden (1.js antes de 2.js), sino la función
foo no estará definida y por lo tanto te mandará error.
Código HTML:
<script type="text/javascript" src="1.js"></script>
<script type="text/javascript" src="2.js"></script>
Saludos