Que tal Kaliyas!!
Bienvenido a este Foro!!!! 
Claro que hay manera de controlar la medida de la ventana, solo tienes que configurarles los valores de la medida dentro del codigo del Javascript...
Bueno te paso este codigo que yo uso para hacer un Pop-up con una medida X.
Copia y pega esto dentro del <head>
<script>
function abrirpopup(nombre,ancho,alto) {
dat = 'width=' + ancho + ',height=' + alto + ',left=0,top=0,scrollbars=no,resize=no';
window.open(nombre,'',dat)
}
</script>
Copia y pega esta parte dentro del <body>
<a href="#" onclick="abrirpopup('nombre.html',600,600);">abrir </a>
Bueno espero te sirva de algo, cualquier cosa estamos por aqui...
Suerte!!!!
