bueno, nunca probe las reglas en el directorio raiz, ya que para este directorio los servidores tienen preparado un htaccess especial, en donde crean las reglas de redireccionamiento de las paginas (por ejemplo, las paginas de error 404).
El .htaccess deberia estar en un subdirectorio de tu sitio para que funcione bien...
Para hacer lo que pides debes crear una regla de este tipo
RewriteEngine on
RewriteBase /news/
RewriteRule ^archivo/(.*).php$ index.php?id=$1
Esto haria que al ingresar a
http://dominio.com.ar/news/index.php?id=3 lo redireccione a
http://dominio.com.ar/news/archivo/3.php
Saludos.