Vaya, acabo de descubir a que se debe el problema de los hipervinculos cuando genero PDF a partir de documentos de Word.
Digamos que hay dos formas de generar los PDF:
1. Mandarlo a la impresora que genera Adobe para generar el documento PDF, "Acrobat Distiller" para la versión 5.0 ó "Adobe PDF" para la versión 6.0.
2. Generar el PDF desde Word con los botones de Convertir a PDF, que en realidad llama a unas macros que instala Acrobat y que realizan este proceso.
Si genero el PDF de la primera forma los links no funcionan, de la segunda forma si... curioso, curioso...