Bueno, yo uso el VirtualDubMod para unir avi y el TMPGEnc para unir mpeg, la verdad es que no son programas intuitivos, hay que saber manejarlos y tener algunas cosas en cuenta, eso si, son programas gratuítos y valen para muchas más cosas, si te decides a usarlos aquí tienes unos tutoriales paso a paso de como hacerlo (incluyen enlaces para bajarse el software necesario):
Unir varios AVI - OGM con VirtualDubMod Unir varios MPG con TMPGEnc
No te asustes, son muy escuetos y en pocos minutos tendrás lo que quieres. Estos mini tutoriales son de
MundoDivX
Suerte!