Definitivamente no es normal que quemen. Monitorea las temperaturas que reporta SMART. Para ello puedes usar programas como Hard Disk Tememperature Monitor, o el mismo Motherboard Monitor previa apropiada configuración (lo que yo uso).
Revisa en el sitio web del fabricante las especificaciones de tus modelos de discos, en mi caso alguna vez revisé la de un disco Hitachi y su valor maximo era de 50 grados (el mio andaba por los 46).
Es una excelente idea separar ambos discos, también lo que te han comentado sobre los coolers de disco duro. En lo personal yo tengo
este, auque siempre existe la opción de cosas caseras como
esta