Hombre, formatear sólo por que no arranca el emule...
Prueba a reinstalar tu emule. Guarda las carpetas
Temp e
Incoming para conservar las descargas parciales y y totales que tengas.
Adicionalmente, chequea tu sistema. Aquí tienes un par de antivirus gratuitos:
BitDefender y
AVG
Éstos son online:
Panda y
Trend Micro
Y unos antispyware:
Ad-Aware y
Spybot S&D
Por último te recomiendo que utilices un cortafuegos.