1.- ---> Donde tu quieras da igual, siempr ey cuando esten en un directorio del servidor claro esta.
2.- ---> La base de datos no se mueve, se accede a ella mediante el servidor, y mediante php, realizaz una conexion a mysql, y posteriormente las sentencias ( lectura, escritura, updating etc.... )
Te sujiero que te leas un buen manual php, para que puedas comprender un poco más el tema
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Saludos !