bien aqui hay una direccion donde te pueden explicar la forma en que lee los emuladores la ps2
aqui
pero creeme el proceso para todo emulador es facilisimo y es este
al descargar el emulador te vendran dos o tres archivos en un zip ejemplo el de sega viene asi:
System.cnf
Pgen_12.elf
los archivos *.elf son ejecutables para ps2 como los *.exe son en windows
pero no se activa solo necesitas un autoejecutable como el autoexec.bat de windows aqui viene el segundo archivo System.cnf y tiene esta estructura
BOOT2 = cdrom0:\PGEN_12.ELF;1
VER = 1.00
VMODE = NTSC
ahora metes todos tus roms en una carpeta y dejas los dos archivos anteriores en la raiz lo quemas en el programa que mas te guste NERO, ALCOHOL, ETC. y a jugar
recuerda que para cargar estos discos tienes que tener chip en tu consola o algun metodo de carga de backups como swapmagic o action replay.
Para terminar mencionaste neogeo el emulador solo soporta isos de juegos o sea de neogeocd asi que si haces un CD de neo geo no se te ocurra meterle roms que no te funcionaran.