A lo prtimero no se contestarlo muy bien, se que hay atyributos CSS para hacer contenidos transparentes pero cada navegador tiene el suyo propio (por ejemplo moz-opacity para mozilla). Pero pregunta en el foro de CSS que seguro te contestan con mas precision.
Con respecto a lo segundo lo unico que tenes que hacer para que todos los popup se abran en la misma ventana es darle un nombre al popup y usar el mismo nombre para todos los enlaces, por ejemplo;
Código:
<a href="#" onClick="window.open('pagina1.htm','ventanita','PROPIEDADES')">Enlace 1</a>
<a href="#" onClick="window.open('pagina2.htm','ventanita','PROPIEDADES')">Enlace 2</a>
<a href="#" onClick="window.open('pagina3.htm','ventanita','PROPIEDADES')">Enlace 3</a>
donde dice PROPIEDADES obviamente va las caracteriscticas que queres del popup (batrra de estado, de herraminetas, etc).
Espero que te sirva.