Código PHP:
$consulta="SELECT id_m.mensajes,id_r.respuestas FROM mensajes,respuestas";
Eso sería una solución .. pero mejor si usas INNER JOIN o equivalentes ..
Muevo tu pregunta al foro de Base de datos para que te orienten mejor. Por cierto no está de más decir que usas Mysql (para ajustar mejor el SQL)
Un saludo,