Creo que ya te voy entendiendo mas o menos.. mira, si quieres subir tu proyecto a producción no es necesario que lo tengas en la carpeta wwwroot ya que puedes crear un directorio virtual y colocarle el nombre que quieras para que todos accesen. (recueda que en produccion solo deben estar las dll´s, archivos .aspx, ascx, .asax y .config)
Cita: si pudieras trambien me gustaria que me dijeses como hago pero para cambiarle el nombre a la solucion,
Solo basta con que coloques el mismo nombre a tus archivos .vbproj, .webinfo, y .sln.
Cualquier otra duda por aqui seguimos..