Qué tal el_javi,
pues se lo anexionas directamente a body, algo así
miCapa = document.createElement('div')
miCapa.id = 'micapita'
document.body.appendChild(miCapa)
Eso colocará la capa como último elemento en body. Eso sí, asegúrate de hacerlo cuando el documento haya terminado de cargar
