Que tal Jonk. Eso es muy clasíco.
Fíjate que a mi me sucede algo similar con un simple servicio de host que tiene hppmyadmin y un fichero .sql de solo 2MB.
Que Hice?
Tratar de separar el code del archivo.
Por ejemplo intenta cargar primero la estructura, los create table, etc.
y luego cargar los datos poco a poco es decir copiando y pegando de 100 registros en 100 registros(O los que identifiques como los máximos), en el server.
Para esto hay que hacer algo lógico y es tener los datos a cargar "ordenados", es decir según las claves foráneas, cargar primero los datos de una tabla y luego otros, etc.
Para esto de los datos ordenados puedes usar el Mysql Administrator que me lo han recomendado en este foro precisamente:
http://www.mysql.com/products/tools/administrator/
Saludos.