Creo que lo que pretende es crear un enlace simbolico a dos carpetas, lo cual creo imposible, puesto que si en ambas carpetas existen archivos con el mismo nombre el sistema no seria capaz de decir a cual se esta refiriendo, eso es de la forma nativa, ahora pienso que lo que necesitas es hacer lo que le llaman
Virtual File System eso es util en la edicion de video o en bases de datos muy grandes donde unificas varios discos o particiones en una particion virtual.
No se si es lo que necesitas puesto que si es solo para ayudar a los usuarios noveles a que encuntren un directorio A y B mediannte un mismo link, creo que seria mucho trabajo para el caso.